Diritto e medicina sono le discipline intorno alle quali si sono sviluppati gli insegnamenti universitari a Pisa, anche se il documento ufficiale che formalizza la nascita dello Studio Generale pisano è la bolla In supremae dignitatis di papa Clemente VI, datata 3 settembre 1343. 
In effetti, fin dal 1338, anno della scomunica della città di Bologna da parte di papa Benedetto XII, che provocò l'abbandono dello Studio bolognese da parte dei docenti e degli studenti, il Comune di Pisa si era adoperato per acquisire docenti di eccellente livello e per accrescere il prestigio della città. Tra i docenti di diritto il più famoso è Bartolo Alfani o da Sassoferrato, unanimemente riconosciuto come il più grande giurista del XIV secolo, tanto da essere chiamato lucerna iuris, che dal 1339 fino al 1343 tiene lezioni di diritto civile a Pisa. La riproduzione fotografica di un ritratto di Bartolo, risalente al XVIII secolo, è applicata sul recto della quarta carta di guardia anteriore del primo volume dell'opera qui presentata.
Per quanto concerne la medicina, nella prima metà del Cinquecento gli studi chirurgico-anatomici godono di un rinnovato interesse. La pubblicazione nel 1543 del celebre trattato De Humani corporis fabrica del fiammingo Andrea Vesalio, ha un'enorme risonanza nella comunità medica internazionale, tanto che l'illuminato duca Cosimo I invita l'insigne anatomista a tenere un ciclo di lezioni. Così nel 1544 Vesalio è a Pisa ed effettua alcune dissezioni pubbliche, allo scopo di dare prova della veridicità delle sue osservazioni. Fu necessario reperire corpi umani di condannati a morte da dissezionare, da far arrivare da Firenze a Pisa via Arno. Alle dissezioni pubbliche assiste lo stesso Cosimo I, il quale, svanita la speranza di acquisire Vesalio per lo Studio, assegna nel 1546 a Realdo Colombo (1516-1559) l'insegnamento ufficiale dell'anatomia e della chirurgia, insegnamento che Colombo conserva fino al 1548. Le epigrafi ubicate in Sapienza e presso l'ex Istituto di Anatomia riportano una datazione del periodo trascorso da Vesalio a Pisa, non suffragate dalle fonti.
La vicenda personale e professionale di Paolo Mascagni, illustre professore di Anatomia prima a Siena, poi a Pisa e infine a Firenze, pur figurando nei ruoli di Pisa fino al 1814-15, è strettamente intrecciata agli eventi politici, innescati dalla Rivoluzione Francese, che sconvolsero anche la Toscana tra la fine del XVIII e l'inizio del XIX secolo. Nel 1799 le truppe francesi invasero la Toscana, fino ad allora rimasta neutrale, e, costretto all'esilio a Vienna il granduca Ferdinando III, istituirono nelle città governi giacobini, invitando a farne parte i cittadini più rappresentativi, tra questi Mascagni a Siena. Quando, alcuni mesi dopo, l'esercito francese fu scacciato da una controffensiva austro-russa e dalle rivolte popolari antinapoleoniche, gli insorti prelevarono Mascagni dalla sua abitazione e per poco non lo arsero vivo. Egli fu arrestato con l'accusa di giacobinismo e d'irreligione e imprigionato. Ritornati i Francesi nel 1800, Mascagni fu prosciolto dalle accuse, ma non tornò a insegnare all'Università di Siena, bensì fu nominato professore di Anatomia nello Studio pisano con decreto del 1° gennaio 1801. Nel Museo di Anatomia umana dell'Università di Pisa è conservata la maschera funeraria in cera di Paolo Mascagni, restaurata nel 2015, in occasione del bicentenario della sua morte. Sono conservate anche le tavole anatomiche e alcuni preparati anatomici.
