Il catalogo dell'orto botanico fiorentino, redatto in larga parte tra il 1719 e il 1736 da Pier Antonio Micheli (1679-1737), suo direttore dal 1718 fino alla morte, e pubblicato postumo e con importanti integrazioni a cura del suo allievo e successore Giovanni Targioni Tozzetti (1712-1783), è l'inventario delle piante ivi coltivate, ordinate alfabeticamente, utilizzate come supporto per la didattica e la ricerca.

Fiorentino di umili origini, Micheli manifestò fin da ragazzo una forte inclinazione per la botanica e una capacità di osservazione straordinaria. Autodidatta, dedicava il suo tempo libero dal lavoro nella legatoria del libraio Ottavio Felice Bonaiuti, dove suo padre l’aveva fatto assumere, a raccogliere erbe e piante nei dintorni di Firenze, piante che confrontava in bottega con le illustrazioni dei libri di botanica e, soprattutto, con le grandi tavole di Pietro Andrea Mattioli (1500-1577), nell’edizione dei Discorsi stampata da Valgrisi nel 1585. L’amicizia con gli abati vallombrosiani studiosi di botanica Virgilio Falugi, Bruno Tozzi (1656-1743), Biagio Biagi (1670-1735), gli permise di ampliare le sue conoscenze, di imparare ad allestire un erbario e di impadronirsi dei rudimenti della lingua latina, indispensabile per leggere i testi scientifici. Pian piano, grazie alla sua bravura nel riconoscere le piante, si guadagnò la stima di illustri botanici a lui contemporanei, primo tra tutti James Sherard (1666-1738), fondatore della Cattedra di Botanica all’Università di Oxford, e fu introdotto a corte per il tramite del letterato Lorenzo Magalotti (1637-1712) e di Giuseppe Del Papa (1648-1735), medico personale del granduca Cosimo III, che lo nominò nel 1706 aiuto dell’Orto dei Semplici dell’Università di Pisa, allora curato da Michelangelo Tilli (1655-1740), con l’obbligo di trovare piante sia per quello, che per l’Orto di Firenze. All’attività di curatore dell’Orto botanico Micheli affiancò numerosi viaggi in Italia e in Europa, alla ricerca del maggior numero di piante interessanti, e mise insieme una grande mole di raccolte, descritte minuziosamente negli oltre settanta manoscritti, rimasti inediti in buona parte e conservati, con l’Erbario Micheli-Targioni, presso la Sezione di Botanica della Biblioteca di Scienze dell’Università di Firenze. Con Micheli, l’Orto riconquistò il suo prestigio, andato perso nel secolo precedente per mancanza di attenti e capaci responsabili e diventò, grazie alla passione, alle competenze e all’instancabile attività del suo Direttore, un importante centro di studio, di ricerca e di diffusione del sapere, in Italia e in Europa.

In vita Micheli pubblicò solo due opere: il volumetto, indirizzato agli agricoltori, Relazione dell'erba detta da' botanici orobanche e volgarmente succiamele, fiamma, e mal d'occhio (1723) e la prima parte dei Nova plantarum genera (1729), dedicata al Granduca Giangastone de’ Medici, che l’aveva finanziata. Corredata da 108 tavole, l’opera contiene la descrizione di 1900 specie di piante, di cui 1400 ignote prima d’allora, classificate sulla base del sistema creato da Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708). Questo ambizioso lavoro ebbe grande risonanza europea e fece conoscere per primo la struttura delle crittogame, inaugurando anche lo studio della micologia. Ricordiamo, inoltre, il suo fondamentale contributo alla realizzazione del Catalogus plantarum Horti Pisani (1723) di Tilli, sia per l’incisione dei rami che per la stampa.

Il Catalogus plantarum horti caesarei fiorentini, dedicato da Giovanni Targioni Tozzetti a Francesco I di Lorena, è arricchito di un’appendice e di una prefazione storica a opera del curatore e del Discorso sopra l’istoria naturale pronunciato nel 1734 dal medico e letterato Antonio Cocchi (1695-1758), in occasione dell’inaugurazione di una nuova fase dell’attività della Società Botanica Fiorentina, fondata da Micheli nel 1716 e della quale Cocchi fu segretario dal 1734 al 1743. Nella Prefatio è ricostruita la storia dell’Orto, del suo sviluppo, dei suoi direttori a partire dalla sua fondazione, promossa da Cosimo I de’ Medici nel 1545. Nato come Giardino dei Semplici di San Marco, orto di piante medicinali utili per la formazione degli studenti di medicina, fu disegnato dall’architetto Niccolò detto Il Tribolo (1500-1550) e la direzione fu affidata al naturalista Luca Ghini (1490-1556), già fondatore nel 1543 dell’Orto botanico di Pisa, il primo orto botanico universitario del mondo. Nel suo Discorso Cocchi sottolinea che “ai soli naturalisti appartiene come effetto del lor metodo di studiare e della multiplice lor cognizione il possedere quella principal parte dell’umana sapienza che consiste nell’esser privo di errori” e rivendica al Granducato di Toscana un ruolo di primo piano nell’aver promosso le ricerche e le scoperte nelle scienze naturali.

Il frontespizio del Catalogus, stampato in rosso e nero, riporta lo stemma del dedicatario Francesco I di Lorena. L’opera è corredata dalla planimetria dell’Orto botanico, più volte ripiegata, da due testatine raffiguranti due scorci del Giardino, da alcuni bei capilettera figurati e da sette tavole botaniche a piena pagina. Tutte le incisioni sono calcografiche, due di esse sono opera di Marcantonio Corsi, su disegno di Antonio Falleri, come si evince dalla firma. Nella pianta sono riportate le quattro divisioni principali del Giardino, secondo i punti cardinali, e le loro ulteriori divisioni in una parte superiore e una parte inferiore. Le piante sono disposte e coltivate negli otto spazi e in ulteriori piccole aree. Al centro del Giardino una vasca a pianta ottagonale avvolge un’isoletta coltivata, al centro della quale c’è una fontana. I richiami alle sette tavole botaniche sono a margine del testo.