La Biblioteca di Filosofia e Storia ha sede al piano terra del Palazzo della Carità un edificio storico ubicato in Via Pasquale Paoli che, insieme a Via dell'Ulivo e Via della Faggiola, in epoca romana costituivano un asse di fondamentale sviluppo della città e poi, in epoca medievale, una delle vie con maggior presenza di case torri.

Nel XVI secolo parte del quartiere adiacente a Via Pasquale Paoli era occupata dal carcere del comune, amministrato dalla Casa della misericordia che, nel corso dei secoli, per ampliare la struttura per i detenuti, acquistò numerose abitazioni circostanti e l'agglomerato assunse l'appellativo di complesso delle Stinche.

Nel 1572, su disposizione del granduca Ferdinando I, il complesso fu ceduto dalla Casa di misericordia alla Compagnia di carità, per essere adibito a luogo di rifugio per gli orfani. La Compagnia dette subito avvio a numerosi lavori di adattamento e ristrutturazione per rendere l'edificio più consono al nuovo uso, dando inizio anche ai lavori di costruzione della chiesetta che oggi ospita la sala lettura della Biblioteca.

Nel 1781 il granduca Pietro Leopoldo trasferì nell'edificio la sezione femminile dell'orfanotrofio della Pia Casa della Carità, da cui deriva l'attuale nome. Lo stabile fu ampliato ancora nel periodo successivo, fino a comprendere anche il piccolo edificio, a sinistra dell'attuale cancello di accesso posto in Via Paoli, su cui risalta l'immagine della Madonna col Bambino. L'orfanotrofio è stato in funzione sicuramente fino al 1927, come ricorda la data sulla lapide presente in Sala Bargagna, mentre la chiesa non risulta più aperta al pubblico dal 1954.

Tra il 1956 e il 1963 il complesso torna a essere di proprietà del Comune di Pisa, per essere poi acquistato, negli anni ‘70, dall'Università che vi insediò il Dipartimento di Filosofia, il Dipartimento di Storia, il Dipartimento di Fisica e, al piano terra, la Biblioteca di Filosofia e storia. Con il trasferimento dei laboratori di fisica nell'area Pontecorvo si sono avviate, agli inizi degli anni 2000, le operazioni di restauro e messa a norma dell'edificio che attualmente è occupato nei piani superiori dal Dipartimento di Civiltà e forme del sapere e al piano terra dalla Biblioteca.

L'attuale Biblioteca, nata dalla fusione delle biblioteche del Dipartimento di Filosofia, del Dipartimento di Storia moderna e contemporanea e del Dipartimento di Medievistica, riflette nel proprio patrimonio la sua storia e infatti in esso ben si distinguono le tre sezioni di Filosofia, Storia moderna e contemporanea e Medievistica.

La Biblioteca di Filosofia e storia è divenuta Polo bibliotecario 6 all'interno del Sistema Bibliotecario di Ateneo a seguito del nuovo assetto organizzativo in vigore dal 2012.

Nella sezione di filosofia sono presenti le opere dei maggiori filosofi dall'antichità a oggi, con testi critici e commenti. Numerosi sono anche i testi di psicologia, pedagogia e comunicazione.

La parte storica, invece, spazia dalla storia in senso stretto all'economia e alla sociologia, dalla politica alla storia delle religioni. Nella sezione di medievistica spicca in particolare una cospicua collezione di fonti, di testi di storia locale, una ricca documentazione sugli ebrei, sul monachesimo e sui pellegrinaggi.

Il patrimonio della Biblioteca si è arricchito nel corso degli anni anche grazie a numerose donazioni, sia di materiale moderno che di materiale antico. Solo per citarne alcune, ricordiamo le Donazioni Segre e Berti formate da numerosi testi di notevole valore antiquario, e le donazioni di carattere più moderno come Bozzoni, Carlini, Franzese, Frassati, Gargani, Tangheroni, Valota, Vecchi, Violante. Molto particolare è poi la Donazione Malkov, una raccolta eclettica di circa 5.000 scritti, per la maggior parte in lingue slave, che comprende libri, riviste, cartoline della città di Pisa stampate prima del 1917, ritagli e fotocopie di testi in cui vengono anche solo citati la città di Pisa o i suoi monumenti.

Attualmente la Biblioteca possiede circa 125.000 volumi collocati a scaffale aperto e 1.900 titoli di riviste fra cessate e correnti, un fondo storico comprendente anche una decina di cinquecentine, numerosi grandi formati, molte opere del ‘700 e l';edizione originale del Rerum Italicarum Scriptores di Ludovico Antonio Muratori (1672-1750).