Nel Seicento l'interesse dei ricercatori si sposta dall'osservazione e classificazione delle strutture anatomiche verso l'anatomia microscopica e la fisiologia (anatomia animata), quest'ultima utilizza la vivisezione di animali per comprendere e valutare l'attività funzionale di un organo per interpretarne in modo più chiaro la struttura. Le acquisizioni sulla morfologia del corpo umano sono utilizzate e applicate allo studio della funzione.
La scoperta del sistema linfatico è probabilmente il più rilevante avvenimento anatomico del Seicento, così come la scoperta della circolazione del sangue a opera di William Harvey segna nel 1628 la nascita della fisiologia. Le indagini sperimentali sul sistema linfatico e le ghiandole e le scoperte di Gaspare Aselli (vasi chiliferi), Jean Pecquet (dotto toracico), Olof Rudbeck e Thomas Bartholin (vasi linfatici extra-intestinali), Francis Glisson (circolazione linfatica del fegato), Fredrick Ruysch (funzione delle valvole linfatiche) contribuiscono ad arricchire la conoscenza delle strutture anatomiche negli aspetti dinamici. Nel 1787 Paolo Mascagni pubblica la sua icnografia dei vasi linfatici.
Il sistema linfatico è costituito da capillari e vasi linfatici, linfonodi e dotti, nei quali circola la linfa (dalla voce latina lympha, “acqua”), liquido incolore che si accumula negli spazi intercellulari e che è convogliato nel circolo sanguifero sistemico a livello delle vene succlavie. Dal punto di vista fisiologico, il sistema linfatico ha almeno tre funzioni essenziali: drena i fluidi dallo spazio interstiziale, trasporta i grassi assorbiti dall'intestino nel circolo sanguigno, partecipa ai meccanismi di difesa immunitari dell'intero organismo.