La Biblioteca di Scienze naturali e ambientali, con la Biblioteca di Matematica Informatica Fisica e la Biblioteca di Chimica, costituisce il Polo bibliotecario 3, istituito nel 2012 a seguito della complessiva nuova organizzazione dell'Università di Pisa e alla conseguente riorganizzazione anche del Sistema Bibliotecario di Ateneo, di cui è parte integrante. L'edificio di Via Derna, al pianterreno del quale si trova la biblioteca, risale alla metà degli anni '60 ed è stato realizzato su progetto degli architetti A. Preti e F. Ceramico.
In particolare, i locali che in passato avevano ospitato l'Ufficio esattoriale di Pisa e che in seguito hanno subito anni di abbandono, dopo i lavori di ristrutturazione ospitano ora la Biblioteca, che è stata inaugurata nel 2008. Riunendo in sé materiale bibliografico e personale bibliotecario proveniente da numerose biblioteche universitarie più piccole, anche di istituti e dipartimenti non più esistenti, la nuova sede ha consentito la riorganizzazione e il miglioramento dei servizi offerti all'utenza, ponendosi come punto di riferimento per le aree culturali delle Scienze biologiche, delle Scienze della Terra e delle Scienze naturali e ambientali.
La Biblioteca accoglie dunque opere specialistiche attinenti le discipline afferenti, opere di carattere generale e didattico, enciclopedie, dizionari e testi tecnici. Particolare cura e costante aggiornamento è dedicata al settore dei libri di studio consigliati dai docenti per la preparazione agli esami.
Il patrimonio bibliografico della Biblioteca di Scienze naturali e ambientali è costituito da migliaia di libri, periodici correnti e cessati, oltre che da numerose fonti di informazione raggiungibili via web e il cui elenco è consultabile sul sito web del Sistema Bibliotecario di Ateneo.
Molto interessante il patrimonio librario antico, che per le Scienze botaniche comprende 17 volumi del 1600, 165 volumi del 1700 e ulteriori 1549 del 1800. Tra i libri del '600 e del '700, tutti di particolare pregio, sisegnalano "Historia Naturalis" di Plinio del 1603, "Catalogus Plantarum Pisani" di Tilli del 1723 e alcune opere di Linneo. Da menzionare poi, tra i volumi di pregio del 1800, le opere di Darwin. Riveste particolare interesse anche la collezione storica di miscellanee di scienziati noti nell'ambito delle scienze naturali, costituita da manoscritti, corrispondenza, funeralia e documenti vari, la cui consultazione è molto richiesta da studiosi italiani e non solo. Fra queste ricordiamo la Miscellanea Paolo Savi (1798-1871) e la miscellanea Giuseppe Meneghini (1811-1889), la Miscellanea Antonio D'Achiardi (1839-1902), la Miscellanea Mario Canavari (1855-1928), la Miscellanea Giovanni D'Achiardi (1872-1955).
Molto gradito agli studenti il giardino interno alla Biblioteca, ombreggiato e accogliente, un piccolo polmone verde in pieno centro cittadino dove è possibile studiare nel silenzio e in piena riservatezza.
La Biblioteca, inoltre, ha una sede distaccata presso il Museo di Storia naturale e del territorio all'interno della monumentale Certosa di Pisa a Calci, il cui fondo antico, di circa 150 volumi pubblicati tra il 1800 e i primi del 1900, comprende le opere del naturalista matematico e cosmologo francese Georges-Louis Leclerc conte di Buffon, in lingua originale in una edizione del 1802 e seguenti, alcuni volumi di una precedente edizione della seconda metà del '700 e una traduzione italiana dei primi anni del 1800.
I libri della Biblioteca nella mostra virtuale Tra le nascoste carte
- Dendrographias sive Historiae Naturalis de Arboribus et Fruticibus tam nostri quam peregrini, 1662
- Historiae naturalis de quadrupedibus libri cum aenis figuris, 1657
Historiae naturalis de avibus libri cum aenis figuris, 1657 - Herbario novo di Castore Durante medico et cittadino romano, 1667
- Traité général des pesches et histoire des poissons qu'elles fournissent, tant pour la subsistance des hommes, que pour plusieurs autres usages qui ont rapport aux arts et au commerce, 1769-1782